m6A RNA甲基化调控因子对膀胱癌预后的生信分析

发布日期:2021-02-14

  超过60%的RNA修饰是RNA甲基化调控,而在所有的RNA甲基化调控中,m6A RNA甲基化调控最为常见。m6A RNA甲基化调控因子分三种类型,一种是甲基转移酶,被称为writers,主要是负责将甲基添加到腺嘌呤上,包括了KIAA1429,METTL3,METTL14,RBM15,WTAP和ZC3H13。一种是结合蛋白,被称为readers,可以优先结合RNA并调控下游功能,包括了HNRNPC, YTHDC1, YTHDC2, YTHDF1 YTHDF2。第三种是脱甲基酶,erasers,主要包括了ALKBH5FTO

  生信分析的主要方法是通过Cox单因素分析来确定膀胱癌患者中m6A RNA甲基化的预后角色;通过LASSO-Cox回归算法推导出了风险意义,其中风险分数计算公式为:


  统计学分析的主要方法:全部用R语言完成。其中Wilcoxon’s test用于分析在癌症和正常组织中的m6A RNA甲基化调控因子的差异表达。使用Kolmogorov-Smirnovtest用于分析临床病理特征和m6A RNA甲基化调控因子的关系。高风险组和低风险组的阈值确定用的是中位风险分数。Kaplan-Meier方法用来分析高、低风险组的总生存期的差异。卡方检测用于分析临床病例变量和风险分数对比。Cox单因素和多因素分析了临床病理变量和风险分数的对比。

  结果展示如下:

  1、在癌症和正常患者中,有6个调控因子差异表达具有显著意义,分别是:METTL3, HNRNPC,YTHDF2, YTHDF1, ZC3H13 FTO

  2、临床病理特点和m6A RNA甲基化调控因子表达的关系:临床分期与ALKBH5 (P=0.029),FTO (P=0.027), KIAA1429 (P=0.001), RBM15 (P=0.000), YTHDF1 (P=0.002) METTL3 (P=0.011)有显著的统计学意义。

  3、用STRING进行基因的互作分析,发现WTAP是中心位。

  4、用Spearman相关分析发现,YTHDC1和METTL14的联系最紧密。

  5、m6A RNA甲基化调控因子的预后角色:发现在高、低风险组中OS率有显著差异。


  6、临床病理变量和风险分数的关系:临床分期和生存状态有统计学意义,且是独立预后因子。